医療法人の出資の評価はなぜ高くなるのか｜財産評価基本通達194-2と持分あり医療法人の事業承継を税理士が解説【2026年版】
- 1. まず結論――医療法人の出資は「194-2」で評価する
- 2. 一般の会社との違い①――比準要素が3つではなく2つ
- 3. なぜ「高くなる」と言われるのか
- 4. 一般の会社との違い②――医療法人だけが使えない2つの取扱い
- 5. 見落とされやすい落とし穴――「比準要素数1の会社」に当たりやすい
- 6. 評価方式は規模区分で決まる（ここは一般の会社と同じ）
- 7. 数字で見る「持分あり医療法人」の現在地
- 8. 実務でどう備えるか
- 9. まとめ
- よくある質問（FAQ）
1. まず結論――医療法人の出資は「194-2」で評価する
持分のある医療法人（経過措置医療法人）の出資は、財産評価基本通達194-2（医療法人の出資の評価）によって評価します。
194-2は、独立した計算方法を一から定めているわけではありません。取引相場のない株式（＝非上場株式）の評価ルールを、条文を一つひとつ名指しで引用しながら準用するという書き方をしています。そのうえで、医療法人特有の2点だけを差し替えます。
「医療法人に対する出資の価額は、178（（取引相場のない株式の評価上の区分））の本文、179（（取引相場のない株式の評価の原則））から181（（類似業種））本文まで、182（（類似業種の株価））から183－2（（類似業種の1株当たりの配当金額等の計算））まで、184（（類似業種比準価額の修正））の(2)、185（（純資産価額））の本文……の定めに準じて計算した価額によって評価する。」
引用されている番号を追うと、次のことが分かります。
- 規模区分（大会社・中会社・小会社）の判定はある（178本文）
- 評価方式の選び方も一般の会社と同じ（179。大会社は類似業種比準価額、中会社は併用方式、小会社は純資産価額）
- 類似業種比準価額の計算はする。ただし算式が違う（180の算式は194-2が別に定める）
- 純資産価額の計算もする。ただし「本文」だけ（185）
2. 一般の会社との違い①――比準要素が3つではなく2つ
一般の会社の株式を類似業種比準方式で評価するときは、配当・利益・純資産の3要素で上場会社と比べます（財産評価基本通達180）。
「A」＝類似業種の株価／「Ⓑ」＝評価会社の1株当たりの配当金額／「Ⓒ」＝評価会社の1株当たりの利益金額／「Ⓓ」＝評価会社の1株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）／「B」「C」「D」＝それぞれ類似業種の1株当たりの配当金額・年利益金額・純資産価額。
算式中の「0.7」は、中会社は「0.6」、小会社は「0.5」とします（同通達180(2)）。
医療法人には、この3要素のうち「配当」がありません。医療法第54条が「医療法人は、剰余金の配当をしてはならない。」と定めているためです。そこで194-2は、利益と純資産の2要素だけで比準する算式を別に定めています。要素が2つですから、分母も「3」ではなく「2」になります。
斟酌率（0.7・0.6・0.5）の考え方は一般の会社と同じで、194-2にも「上記算式中の『0.7』は、178に定める中会社に相当する医療法人に対する出資を評価する場合には『0.6』、小会社に相当する医療法人に対する出資を評価する場合には『0.5』とする」と明記されています。
| 項目 | 一般の会社の株式（通達180） | 医療法人の出資（通達194-2） |
|---|---|---|
| 比準要素 | 配当・利益・純資産の3つ | 利益・純資産の2つ |
| 算式の分母 | 3 | 2 |
| 業種目 | 評価会社の事業が該当する業種目 | 「その他の産業」に固定 |
（出典：国税庁「財産評価基本通達 180」、同 194-2）
業種目が「その他の産業」に固定される点も見落とせません。一般の会社は、小分類・中分類・大分類から自社の事業に該当する業種目を選び、その業種の上場会社の株価と比べます。医療法人は選べません。194-2に「181（（類似業種））の『評価会社の事業が該当する業種目』は同項の定めにより別に定める業種目のうちの『その他の産業』とする」と書かれているためです。
3. なぜ「高くなる」と言われるのか
ここが本題です。配当がない会社の評価は、一見すると軽くなりそうに思えます。実際は逆に働くことがあります。
理屈はこうです。配当をしていない会社は、Ⓑ（1株当たりの配当金額）が0になります。一般の会社であれば、この0が3要素のうちの1つとして分子に入り、3で割られます。つまり「配当がない」というマイナス要因が評価額を押し下げる方向に働きます。
医療法人の場合、配当要素はそもそも計算に入りません。利益と純資産の2つだけで比べ、2で割ります。配当をしていないという事実が、評価額に反映されないのです。
この点は、四病院団体協議会が令和9年度税制改正要望（令和8年8月21日）で正面から指摘しています。
「医療法人は配当が禁止されているため、営利企業の評価ではカウントされる配当要素が除外されるのである。理論上これは一見正当ではあるが、いざ実際に適用すると、医療法人の出資評価額は無配当の営利企業よりも高額になってしまう」
同要望書は、現行の計算式の分母を「2」から「3」とし、分子に置くべき配当要素は「0」とするよう求めています。
つまり、「無配当の株式会社と同じ扱いにしてほしい」という要望です。これは税制改正要望の段階であり、決まった制度ではありません。
なお同要望書は、平成29年度の見直しで一般の会社の類似業種比準価額の比重が配当・利益・純資産で1：1：1に改められた際、医療法人の算式も変更されたものの、利益と純資産を1：1としただけで配当要素は取り入れられなかった、と経緯を説明しています。
4. 一般の会社との違い②――医療法人だけが使えない2つの取扱い
194-2が引用している通達番号を精査すると、一般の会社では使えるのに、医療法人の出資では使えない取扱いが2つあることが分かります。実務上のインパクトは、こちらのほうが大きい場面もあります。
使えないもの① 配当還元方式
一般の会社では、同族株主以外の株主等が取得した株式は、配当還元方式という簡便で低い評価額になる方法で評価できます（財産評価基本通達188-2）。
194-2の引用リストに、188-2は入っていません。それどころか、189-2から189-4までを準用する部分について「188－2（（同族株主以外の株主等が取得した株式の評価））の定めを適用する部分を除く」とわざわざ書いています。配当を出せない法人に「配当還元」はあり得ませんので、条文としては筋が通っています。
実務的な意味は明確です。少数の出資しか持っていない出資者であっても、原則的評価方式で評価されるということです。株式会社の少数株主なら配当還元方式で軽く済むところが、医療法人では同じようにはいきません。
使えないもの② 純資産価額の80％評価減
一般の会社の株式を純資産価額方式で評価する場合、株式の取得者とその同族関係者の議決権が50％以下であれば、1株当たりの純資産価額に100分の80を乗じることができます（財産評価基本通達185ただし書）。
194-2が引用しているのは「185（（純資産価額））の本文」です。ただし書は引用されていません。さらに、189-2から189-4を準用する部分についても「185（（純資産価額））のただし書の定め……を適用する部分を除く」と明記されています。
つまり、医療法人の出資には20％の評価減がないということです。
| 取扱い | 一般の会社の株式 | 医療法人の出資 |
|---|---|---|
| 配当還元方式（通達188-2） | 同族株主以外の株主等は適用可 | 適用なし |
| 純資産価額の80％評価減（通達185ただし書） | 議決権50％以下なら適用可 | 適用なし |
| 法人税額等相当額の控除（通達186-2） | 適用あり（38％） | 適用あり（38％） |
（出典：財産評価基本通達185・186-2・188-2・194-2。186-2の38％は、法人税〔地方法人税および防衛特別法人税を含む〕、事業税〔特別法人事業税を含む〕、道府県民税および市町村民税の税率の合計に相当する割合として同通達に定められた率です）
5. 見落とされやすい落とし穴――「比準要素数1の会社」に当たりやすい
もう一つ、194-2にだけ書かれている読み替えがあります。特定の評価会社（比準要素数1の会社）の判定基準です。
一般の会社では、配当・利益・純資産の3つのうちいずれか2つが0で、かつ直前々期末を基準にしてもいずれか2以上が0である場合に、「比準要素数1の会社」となります（財産評価基本通達189(1)）。この判定に当たると、原則として純資産価額方式で評価することになり（同189-2）、類似業種比準価額を使えるのは納税義務者が選択してLを0.25とする場合に限られます。
医療法人には比準要素が2つしかありませんので、194-2はこの判定を次のように読み替えています。
「189（（特定の評価会社の株式））の(1)の『比準要素数1の会社の株式』に相当する医療法人に対する出資は、183（（評価会社の1株当たりの配当金額等の計算））の(2)又は(3)に定める『1株当たりの利益金額』又は『1株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）』のそれぞれ金額のうち、いずれかが0であり、かつ、直前々期末を基準にして同項の定めに準じそれぞれの金額を計算した場合に、それぞれの金額のうち、いずれか1以上が0である評価対象の医療法人の出資をいい……」
読み比べると差がはっきりします。
| 判定 | 一般の会社 | 医療法人 |
|---|---|---|
| 直前期末の基準 | 3要素のうち2つが0 | 2要素のうち1つが0 |
| 直前々期末の基準 | いずれか2以上が0 | いずれか1以上が0 |
医療法人は、利益がゼロになった年が続いただけで「比準要素数1の会社」に相当する扱いになり得ます。類似業種比準価額が使いにくくなり、純資産価額方式が前面に出てきます。純資産価額方式は含み益のある不動産を持つ法人ほど評価額が上がりやすい方法ですから、病院・診療所の建物と土地を自法人で持っている医療法人ほど、この影響を受けやすいということになります。
赤字の年が出たときに「今年は評価が下がっているはずだ」と考えるのは、医療法人では危険です。実際には逆方向に振れることがあります。
6. 評価方式は規模区分で決まる（ここは一般の会社と同じ）
194-2は178本文と179を引用していますので、規模区分と評価方式の対応は一般の会社と同じです。
| 規模区分 | 原則的な評価方式 | 納税義務者の選択 |
|---|---|---|
| 大会社に相当 | 類似業種比準価額 | 1株当たりの純資産価額によることができる |
| 中会社に相当 | 類似業種比準価額×L＋1株当たりの純資産価額×（1－L） | 算式中の類似業種比準価額を純資産価額に置き換えられる |
| 小会社に相当 | 1株当たりの純資産価額 | Lを0.50として中会社の算式で計算できる |
（出典：国税庁「財産評価基本通達 178・179」。Lの割合は、総資産価額および従業員数に応ずる割合と、直前期末以前1年間における取引金額に応ずる割合のうち、いずれか大きい方の割合とし、0.90・0.75・0.60のいずれかとなります）
規模区分の判定は、直前期末の総資産価額（帳簿価額）、従業員数、直前期末以前1年間の取引金額の3つで行います。従業員数の数え方には注意が必要で、1週間当たりの労働時間が30時間未満の従業員は継続勤務従業員から除き、その労働時間の合計を年間平均労働時間1,800時間で割って加算します。また、社長・理事長は従業員数に含めません（同通達178(2)の注）。医療機関は非常勤の勤務が多いため、ここの数え方一つで区分が変わることがあります。
7. 数字で見る「持分あり医療法人」の現在地
制度の議論の前提となる実数を確認しておきます。
| 区分 | 令和7年3月31日 | 令和8年3月31日 |
|---|---|---|
| 医療法人 総数 | 59,419 | 59,893 |
| うち社団・持分あり | 35,766 | 35,104 |
| うち社団・持分なし | 23,268 | 24,410 |
（出典：厚生労働省「医療法人数の推移（令和８年３月31日現在）」。同資料の資料出所は厚生労働省調べ）
公表値から当方が計算すると、持分ありの割合は令和7年の60.2％から令和8年は58.6％へ下がり、公表年次で初めて6割を下回りました。持分ありの法人数は1年で662法人減っています。総数は474法人増えていますので、減っているのは持分ありだけです。
持分ありのピークは平成20年の43,638法人でした。令和8年の35,104法人は、そこから8,534法人（19.6％）の減少にあたります。制度としては存続していますが、実数としては年々細っているというのが数字の姿です。
8. 実務でどう備えるか
医療法人の承継のご相談で、最初につまずきやすいのは「評価額を知らないまま議論を始めてしまう」ことです。一般論として申し上げると、出資評価は規模区分の判定で入口が変わり、比準要素数1の会社に当たるかどうかで出口が変わります。この2つの判定を先に済ませると、そのあとの選択肢の並べ方がまったく変わってきます。逆に、評価額の当たりを付けずに移行の是非だけを議論しても、結論は出ません。
具体的な手順としては、次の順番で進めるのが実務的です。
- ✅ 直前期末の総資産価額（帳簿価額）・従業員数・取引金額を集め、規模区分を判定する。ここで大会社・中会社・小会社のどれに相当するかが決まります
- ✅ 1株当たりの利益金額と純資産価額（帳簿価額）を、直前期末と直前々期末の両方で計算する。比準要素数1の会社に相当するかどうかは、この2期分がそろわないと判定できません
- ✅ 土地・建物の相続税評価額を確認する。純資産価額方式が前面に出る場合、含み益の大きさがそのまま評価額に効きます
- ✅ 出資者ごとの持分と、想定される相続人を書き出す。医療法人には配当還元方式がありませんので、少数の出資者であっても原則的評価方式で評価されます
- ✅ 認定医療法人制度を使う可能性があるなら、期限から逆算する。持分なしへの移行計画の認定を受けられる期限は令和11年12月31日です（租税特別措置法第70条の7の9第1項ほか、厚生労働省の案内ページ）
税制改正要望の動きは注視すべきですが、要望を前提に意思決定をしないことも同じくらい大切です。分母が3になるかどうかは年末以降の議論次第であり、いまの評価は現行の194-2で行われます。
9. まとめ
- 持分のある医療法人の出資は、財産評価基本通達194-2で評価します。取引相場のない株式の評価ルールを名指しで準用しつつ、医療法人特有の点だけを差し替える構造です
- 一般の会社が配当・利益・純資産の3要素で比準するのに対し、医療法人は利益・純資産の2要素で比準し、分母は2になります。業種目は「その他の産業」に固定されます
- 配当をしていないという事実が評価額に反映されないため、無配当の営利企業より評価額が高くなり得ます。四病院団体協議会は令和9年度税制改正要望で、分母を3・配当要素を0とする見直しを求めています（要望段階であり、決まった制度ではありません）
- 医療法人の出資には、配当還元方式（通達188-2）も、純資産価額の80％評価減（通達185ただし書）もありません。194-2の引用リストからいずれも外れています
- 比準要素数1の会社の判定が一般の会社より当たりやすい構造になっています。一般の会社が「3つのうち2つが0」なのに対し、医療法人は「2つのうち1つが0」です（通達194-2）
- 規模区分と評価方式の対応（大会社・中会社・小会社）は一般の会社と同じです（通達178・179）
- 実数としては、持分あり医療法人の割合が令和8年3月31日現在で58.6％となり、公表年次で初めて6割を下回りました（厚生労働省の公表値から当方が計算）
よくある質問（FAQ）
医療法人の出資は、株式会社の株式と同じ方法で評価してよいのですか？
出資を少ししか持っていない場合でも、高い評価になるのですか？
赤字が続くと、出資の評価額は下がりますか？
純資産価額から控除できる法人税額等相当額は何％ですか？
持分なしの医療法人に移行すれば、この評価の問題はなくなりますか？
要望どおり分母が「3」になれば、評価額はどのくらい下がりますか？
出典・参考資料
- 国税庁「財産評価基本通達 194-2（医療法人の出資の評価）ほか」
- 国税庁「財産評価基本通達 178（取引相場のない株式の評価上の区分）・179（取引相場のない株式の評価の原則）」
- 国税庁「財産評価基本通達 180（類似業種比準価額）・181・182・183」
- 国税庁「財産評価基本通達 185（純資産価額）・186-2（評価差額に対する法人税額等に相当する金額）」
- 国税庁「財産評価基本通達 189（特定の評価会社の株式）・189-2（比準要素数1の会社の株式の評価）」
- 厚生労働省「医療法人数の推移（令和８年３月31日現在）」（PDF）
- 厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）」
- 四病院団体協議会「令和９年度税制改正要望の重点事項について」（令和8年8月21日・PDF）
- e-Gov法令検索「租税特別措置法」（昭和32年法律第26号）
- e-Gov法令検索「医療法」（昭和23年法律第205号）
- 根拠通達・法令：財産評価基本通達178・179・180・181・182・183・184・185・186・186-2・188-2・189・189-2・189-3・189-4・194・194-2、租税特別措置法第70条の7の9第1項、医療法第54条
本記事は、通達・法令および公表資料に基づく一般的な情報提供であり、個別の事案における税務上の取扱いを保証するものではありません。医療法人の出資の評価は、規模区分の判定、特定の評価会社への該当の有無、保有資産の内容によって結果が大きく異なります。本記事の記載をもって個別の評価額を判断することはできません。本記事のうち四病院団体協議会の要望に関する記述は、令和9年度（2027年度）税制改正に向けた業界団体の要望の内容であり、決まった制度ではありません。要望は、年末の与党税制改正大綱および翌年の法律の成立によって初めて確定するものであり、内容が変更されること、実現しないことがあります。本記事は2026年8月時点の情報に基づくものであり、その後の通達改正・制度改正により記載内容が現行と異なる場合があります。実際の評価にあたっては、最新の財産評価基本通達および国税庁の公表資料をご確認のうえ、必要に応じて専門家にご相談ください。
発行：税理士法人 小山・ミカタパートナーズ ／ 文責：代表 小山晃弘（公認会計士・税理士・米国公認会計士）
出典確認日：2026年8月31日
出資評価額を出すところから、承継の設計は始まります
公認会計士・税理士・米国公認会計士のトリプルホルダーの視点で、規模区分の判定、比準要素数1の会社に該当するかどうかの2期分の検証、純資産価額の試算までを行い、持分ありのまま承継する場合と持分なしへ移行する場合を同じ土俵で比較できる資料をお作りしています。医療法人の承継は、判断材料を数字にするところが出発点です。
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この記事は執筆時点の法令・通達に基づいています。最終確認日：2026年8月31日（現行制度との照合を実施）。税制は改正されます。実際のご判断の前に、最新の情報をご確認いただくか、税理士法人 小山・ミカタパートナーズまでご相談ください。
