グループ会社への経営指導料、契約書だけで足りますか？令和8年度改正の「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」を税理士が解説

1. 何が変わったのか（3行サマリー）

• 令和8年度税制改正により、法人税法施行規則に第59条の2（青色申告法人）および第67条の2（青色申告法人以外の普通法人等）として「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」が新設されました。
• 内国法人が関連者から工業所有権等の譲渡・貸付け、または一定の役務の提供を受け、その取引について受領・作成した書類に必要記載事項の記載がないときは、その記載のない事項（特定事項）を明らかにする書類を確定申告書の提出期限までに取得または作成し、7年間保存しなければなりません。
• 適用開始は、令和8年4月1日以後に開始する事業年度に行う関連者間取引からです（令和8年3月31日財務省令第18号 附則第8条。同省令の施行日は令和8年4月1日）。

2. 前提：なぜこの制度がつくられたのか

国税庁は事務運営指針の冒頭で、制度の背景をこう説明しています。

法人税法上、取引に関して相手方から受け取った注文書・契約書などの書類、および自己が作成したこれらの書類は保存しなければならないこととされています。しかし、その書類に取引の詳細な内容や支払額の計算の根拠（取引情報）が十分に記載されていない場合には、取引の実態解明が困難となることがある、というのが出発点です。

そのうえで、事務運営指針はグループ内取引の特徴に踏み込みます。

第三者との取引であれば、金額の根拠は相手が納得するまで詰めます。詰めなければ契約になりません。ところがグループ内では、話が通じてしまうがゆえに、資料が残らない。ここが当局の問題意識です。

💡 押さえておきたいポイント この特例は、移転価格税制の文書化（ローカルファイル）とは別の制度です。移転価格税制の対象は国外関連者との取引ですが、この特例の「関連者」に国内・国外の区別はありません。国内の親子会社間・兄弟会社間の取引も、要件を満たせば対象になります。

3. 誰が「関連者」になるのか

法人税法施行規則第59条の2第3項は、関連者を「法人で、青色申告法人との間に次に掲げる関係のあるもの」と定め、5つの類型を挙げています。

• 第1号（直接の親子）　二の法人のいずれか一方が、他方の発行済株式等の50％以上を直接または間接に保有する関係
• 第2号（兄弟会社）　二の法人が、同一の者によってそれぞれ発行済株式等の50％以上を直接または間接に保有される関係（第1号に該当するものを除く）
• 第3号（実質支配）　特定事実が存在することにより、いずれか一方が他方の事業の方針の全部または一部を実質的に決定できる関係（第1号・第2号に該当するものを除く）
• 第4号（連鎖）　一の法人と、その法人が50％以上を保有しまたは特定事実により実質的に決定できる関係にある法人との、連鎖的な関係（第1号から第3号に該当するものを除く）
• 第5号（同一頂点の連鎖）　二の法人が、同一の一の者を頂点とする連鎖的な支配関係のもとにある場合の当該二の法人の関係（第1号から第4号に該当するものを除く）

（出典：法人税法施行規則（昭和40年大蔵省令第12号）第59条の2（関連者間取引に係る書類の整理保存の特例）第3項｜e-Gov法令検索）

第2号の「同一の者」が個人である場合には、その個人と特殊の関係のある個人（親族等）を含めて判定します。つまり、オーナー本人とご家族が別々に株式を持っている複数の会社は、資本関係が直接なくても関連者になり得ます。ここは実務で見落とされやすい部分です。

第3号の「特定事実」として、条文は次の3つを例示しています。

• 他方の法人の役員の2分の1以上、または代表権を有する役員が、一方の法人の役員・使用人を兼務している者、または役員・使用人であった者であること
• 他方の法人が、その事業活動の相当部分を一方の法人との取引に依存して行っていること
• 他方の法人が、その事業活動に必要な資金の相当部分を一方の法人からの借入れ、または一方の法人の保証により調達していること

株式を1株も持っていなくても、役員構成・取引依存・資金依存のいずれかで関連者になり得るという点は、必ず押さえてください。なお、関連者に該当するかどうかの判定は、それぞれの取引が行われた時の現況によります（同条第8項）。

4. 対象になる取引は2つだけ

対象となるのは、関連者が内国法人に対して行う次の取引で、かつ法人税法第22条第3項第2号に掲げる費用の額の基因となるものに限られます。

つまり、自社が支払う側（費用が立つ側）の取引だけが対象です。事務運営指針も、保存義務を負うのは「関連者間取引に係る工業所有権等の譲渡若しくは貸付け又は役務の提供を受けた内国法人」であることを明記しています。

第1号：工業所有権等の譲渡または貸付け

工業所有権等には、工業所有権のほか、特別の技術による生産方式やこれらに準ずるもの、著作権（出版権・著作隣接権等を含む）、プログラムの著作物が含まれます。必要記載事項は次の3つです。

• その譲渡または貸付けに係る工業所有権等の明細
• その工業所有権等が自社において果たす機能
• 対価の額の明細および当該対価の額の設定の方法

第2号：一定の役務の提供

こちらは3つの類型に分かれ、類型ごとに必要記載事項が違います。

イ　費用分担型 研究開発・広告宣伝等の事業活動、または専用資産を使用させる行為とその維持管理を、費用負担を定めた契約・協定に基づき行うもの。 必要記載事項は、契約・協定に基づいて行った事業活動の内容、および契約・協定に基づき自社が負担することとなる費用の額の計算の方法です。

ロ　経営指導型 経営の管理または指導、情報の提供その他の役務の提供で、役務提供者が有する産業・商業・学術に関する知識経験に基づき行うもの（イを除く）。 必要記載事項は、役務の提供の明細および内容、ならびに役務の提供に係る対価の額の明細および計算の方法です。

ハ　その他の類似役務 イ・ロのほか、これらの役務の提供に類するもの。 必要記載事項は、ロと同じく、役務の提供の明細および内容、ならびに役務の提供に係る対価の額の明細および計算の方法です。

（出典：法人税法施行規則第59条の2第1項｜e-Gov法令検索）

冒頭で挙げた持株会社の経営指導料は、典型的に「ロ」に当たります。そして「ロ」が求めているのは、役務の明細と内容、そして対価の額の明細と計算の方法です。「経営指導料　月額○○円」という契約書1通では、計算の方法は書かれていません。

なお、第7項には迂回取引への手当てが置かれています。関連者が非関連者に対して行う譲渡等取引について、その工業所有権等や役務が自社に移転・提供されることが取引時にあらかじめ定まっており、かつ対価の額が自社と関連者との間で実質的に決定されていると認められる場合には、自社と非関連者との取引を関連者との取引とみなしてこの特例が適用されます。

5. 何を、いつまでに、どれだけ保存するのか

流れを整理すると、次のようになります。

手順

1. 当期に、関連者から工業所有権等の譲渡・貸付け、または対象となる役務の提供を受けたかを確認する
2. その取引について受領・作成した書類（注文書、契約書、送り状、領収書、見積書その他これらに準ずる書類。写しや電磁的記録を含む）に、必要記載事項の記載があるかを確認する
3. 記載のない事項（＝特定事項）があれば、それを明らかにする特定事項記載書類を取得または作成する
4. その作成・取得は、当該事業年度の確定申告書の提出期限までに行う
5. 整理して、法人税法施行規則第59条第2項に規定する起算日から7年間、納税地または当該取引に係る国内の事務所等の所在地に保存する

適用されない2つの場合

条文と事務運営指針は、この特例が適用されない場合を2つ明示しています。

• ローカルファイルでカバーされている場合：必要記載事項と、租税特別措置法施行規則第22条の10第6項に規定するローカルファイル（独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類）の記載事項との間には一定の対応関係が認められます。そのローカルファイルに、当該取引の内容を客観的に把握できる程度の必要記載事項の記載がある場合には、特定事項はないこととなり、本特例は適用されません（法規59の2①、67の2①）。
• 電子取引により取得した場合：特定事項記載書類に記載すべき特定事項を電子取引により取得したときは、電子帳簿保存法第7条に基づく保存義務が別途課されるため、その特定事項に係る取引については本特例は適用されません（法規59の2②、67の2②）。

6. 事務運営指針が示した「歯止め」

ここが本記事でいちばんお伝えしたい部分です。新しい義務と聞くと身構えますが、事務運営指針は納税者側に相当配慮した書き方をしています。要点は4つです。

① 損金算入の要件ではない

事務運営指針は「2　損金算入との関係」で、次のとおり明記しています。特定事項記載書類の保存等は、その基となった関連者間取引に係る費用の損金算入の要件とされているものではない。したがって、保存等が行われていない場合であっても、そのことのみをもって損金算入が直ちに認められないことになるものではない、と述べています。課税関係の判断は、帳簿書類その他の資料から実態の把握に努め、その結果に基づいて実態に即して行う、とされています。

② 「通常求められる範囲を超える詳細な資料」までは要らない

事務運営指針は、本特例が「取引の内容及び性質に照らして通常求められる範囲を超える詳細な資料の一律の保存等を求める趣旨のものではない」とし、求められる水準を「関連者間取引の内容を第三者の立場からみて客観的に把握することができる程度の記載」と定義しています。

ただし裏返しの注意も書かれています。対価の額が「一式」とされていたり、取引の内容が抽象的に表示されているのみであるなど、取引の実態を把握するに足りるものでない場合には、その書類の記載のみをもって必要記載事項の記載があるとはいえず、特定事項が生じるとされています。

③ 書類が親会社にあってもよい

原則は自社の納税地等での保存です。しかし事務運営指針は、必要記載事項の記載がある書類等が親会社その他の関連者において一元的に保存されている場合について、事務負担に配慮する観点から、調査担当者の求めに応じて関連者から遅滞なく入手し提示できると認められるときは、自社の納税地等において保存がなされているものとして取り扱うとしています。判断は、入手・提示に係る体制、要する期間その他の事情、および提示された情報が必要記載事項を確認するに足りるかどうかの観点から行われます。

④ 調査でいきなり不利益処分にはならない

保存がない、または記載の程度が不十分と認められる場合、調査担当者は取引区分（関連者間取引に該当する理由と第59条の2第1項各号のいずれに該当するか）、記載事項（特定事項の内容）、不足の程度（不十分な内容と税務調査上の必要性）を明示したうえで、合理的な期間を定めて取得・作成と提示を求めるものとされています。

7. とはいえ、放置してよい話ではありません

「損金算入の要件ではない」と聞くと安心しがちですが、別の入口からの影響があります。

事務運営指針は、取消処分の後に不服申立て等の段階で特定事項記載書類が提示されたとしても、そのことによって原処分の効力に影響を与えるものではないとも述べています。後から作って出せばよい、という制度設計にはなっていません。

8. 実務でどう備えるか

初年度にやるべきことは、多くありません。順番だけ間違えないことが大切です。

1. 関連者の範囲を書き出す

資本関係50％以上の会社に加えて、同一の者（オーナー個人とそのご親族を含む）に50％以上保有されている兄弟会社、そして役員兼務・取引依存・資金依存の3つの特定事実に当たる会社まで洗い出します。持株会社・資産管理会社・不動産管理会社を含むグループでは、想定より範囲が広くなることが通例です。

2. 費用が立っている取引だけを拾う

対象は自社が支払う側の取引です。関連者への売上や貸付金の利息は、この特例の対象ではありません。経営指導料、業務委託料、ロイヤリティ、システム利用料、ブランド使用料、研究開発費や広告宣伝費の分担金あたりが実務上の中心になります。

3. 既存の契約書と請求書を、必要記載事項に照らして読み直す

このとき見るのは「契約書があるか」ではなく、役務の内容が具体的に書かれているか、対価の額の計算の方法が書かれているかの2点です。「一式」「月額○○円」だけであれば、特定事項が生じていると考えるのが安全です。

4. 足りない部分だけを補う書類をつくる

一から作り直す必要はありません。求められている水準は「第三者の立場からみて客観的に把握することができる程度」です。役務の内容、提供の態様、頻度または期間、そして対価の額をどう算定したかの算定根拠を1枚にまとめるところから始めるのが現実的です。

5. 期限は確定申告書の提出期限

決算作業と同じ土俵に載せてしまうのが確実です。3月決算の会社であれば、令和9年5月末（申告期限の延長を受けている場合はその期限）までに、令和8年4月1日以後に開始した事業年度分を整えることになります。

弊社にも、グループ再編の直後に「持株会社と事業会社の間の契約書を整えたい」というご相談は実際に寄せられます。実務でよくお見かけするのは、契約は結んだが、金額の決め方だけが当時の担当者の頭の中にあるという状態です。今回の改正は、その暗黙知を書面に落とす作業を、事実上の義務にしたものと受け止めるのが正確だと考えます。

9. まとめ

令和8年度税制改正により、法人税法施行規則第59条の2および第67条の2として関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が新設されました。関連者から工業所有権等の譲渡・貸付けまたは一定の役務の提供を受け、その取引について受領・作成した書類に必要記載事項の記載がないときは、特定事項記載書類を確定申告書の提出期限までに取得または作成し、7年間保存する必要があります。適用は令和8年4月1日以後に開始する事業年度の取引からです。

国税庁は令和8年6月30日付の事務運営指針で、損金算入の要件ではないこと、求められるのは第三者の立場から客観的に把握できる程度の記載であること、関連者が一元的に保存していても遅滞なく提示できれば差し支えないこと、違反の程度が軽微であれば改善指導にとどめ得ることを明示しました。一方で、青色申告の承認取消し、欠損金の繰越控除、推計課税という3つの入口から影響が及び得ることも、同じ指針に書かれています。

持株会社・資産管理会社を含むグループをお持ちのオーナー経営者にとって、これは「新しい税金」ではなく「説明できる状態にしておく義務」の話です。契約書があるかどうかではなく、その金額をどう決めたかが書面から読み取れるか。まずはそこを確認するところから始めてください。

出典・参考資料

• 国税庁「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）」（令和8年6月30日付課法2-11、課総10-23、査調7-7、査察1-132）
• 国税庁「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）（令和8年6月30日付課法2-9ほか1課共同）
• 国税庁「法人税基本通達等の主要改正項目について」（令和8年6月30日付改正）
• 法人税法施行規則（昭和40年大蔵省令第12号）第59条の2（関連者間取引に係る書類の整理保存の特例）｜e-Gov法令検索
• 法人税法施行規則（昭和40年大蔵省令第12号）第67条の2（関連者間取引に係る書類の整理保存の特例）｜e-Gov法令検索
• 法人税法（昭和40年法律第34号）第127条（青色申告の承認の取消し）｜e-Gov法令検索
• 法人税法施行規則等の一部を改正する省令（令和8年3月31日財務省令第18号）附則第1条（施行期日）、附則第8条（関連者間取引に係る書類の整理保存の特例に関する経過措置）
• 国税庁「事務運営指針」（一覧）
• 財務省「令和8年度 税制改正の解説」

小山 晃弘（こやま あきひろ）

税理士法人 小山・ミカタパートナーズ 代表

公認会計士・税理士・米国公認会計士（ワシントン州）のトリプルホルダー。デロイト トーマツ（監査）出身。富裕層・オーナー経営者の資産防衛・事業承継から中小企業の税務顧問まで伴走。著書7冊・累計6万部、YouTube登録者11万人超。 🔗 kmp.or.jp ／ お問い合わせ：info@kmp.or.jp

この記事は執筆時点の法令・通達に基づいています。最終確認日：2026年8月2日（現行制度との照合を実施）。税制は改正されます。実際のご判断の前に、最新の情報をご確認いただくか、税理士法人 小山・ミカタパートナーズまでご相談ください。