免税事業者からの仕入れは2026年10月から「7割控除」に｜9月30日をまたぐ取引の判定と帳簿の書き方を税理士が解説

1. 何が変わるのか（3行サマリー）

• 免税事業者等からの課税仕入れについて仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置（平成28年改正法附則52、53）の割合が、令和8年度税制改正で見直された。2026年10月1日からは「50％」ではなく「70％」で、以後は50％、30％と下がる4段階になった
• 最終的な適用期限は2年延長された。改正前は令和11年10月1日以後の課税仕入れから控除不可だったが、改正後は令和13年9月30日まで経過措置が残る
• 同時に、この経過措置を使える金額の上限が税込10億円から1億円へ引き下げられた（令和8年10月1日以後に開始する課税期間から）。同じ相手からの年間の課税仕入れが1億円を超えると、超えた部分には経過措置を使えない

2. 経過措置の割合は「4段階」になった

そもそもインボイス制度の下では、適格請求書発行事業者以外の者（消費者、免税事業者、登録を受けていない課税事業者。以下「免税事業者等」）からの課税仕入れは、仕入税額控除のために必要な適格請求書の交付を受けられないため、原則として仕入税額控除ができません（消費税法第30条第7項）。

ただし、制度開始から一定期間は、免税事業者等からの課税仕入れであっても、仕入税額相当額の一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています（平成28年改正法附則52、53）。この割合が、令和8年度税制改正で次のとおり見直されました。

改正後の割合（現行）

• 令和5年10月1日から令和8年9月30日まで　仕入税額相当額の80％
• 令和8年10月1日から令和10年9月30日まで　仕入税額相当額の70％
• 令和10年10月1日から令和12年9月30日まで　仕入税額相当額の50％
• 令和12年10月1日から令和13年9月30日まで　仕入税額相当額の30％

改正前の割合（もう使いません）

• 令和5年10月1日から令和8年9月30日まで　仕入税額相当額の80％
• 令和8年10月1日から令和11年9月30日まで　仕入税額相当額の50％
• 令和11年10月1日以後　控除不可

つまり、2026年10月からの落ち込みが80％→50％から80％→70％に緩められ、そのかわり縮減の段階が増え、最終的な期限が2年延びたという組み替えです。「10月から半分になる」と覚えていた方は、そこだけ書き換えてください。

改正の理由は、財務省「令和8年度 税制改正の解説」に明記されています。本経過措置により消費者が事業者に支払った消費税相当額の一部が納税されずに事業者の収入となっている面があること、本来配慮が必要な小規模な事業者以外の者からの仕入れにも適用されることにより租税回避等に利用されているという実態が確認されたこと。これらを踏まえつつ、控除割合が80％から50％に移行することによる影響を受ける小規模な事業者の懸念への配慮として更なる激変緩和を図るとともに、着実に縮減を図る観点から、最終的な適用期限を2年延長し、令和8年10月1日以後の割合を見直した、という説明です。

3. 9月30日と10月1日をまたぐ取引は、どちらの割合か

ここが今回いちばん多いご質問です。国税庁は、まさにこの論点についてQ&Aに問113−3（令和8年4月追加）を新設しました。結論はシンプルです。

本経過措置の適用に当たって用いる割合は、適用しようとする課税仕入れの時期で判断する。

そのうえで、課税仕入れの時期は取引の種類で決まります。

• 役務の提供を受けた場合　原則として、その約した役務の全部が完了した日が課税仕入れの時期になります
• 商品の仕入れ（資産の譲受け）の場合　原則として、その引渡しのあった日が課税仕入れの時期になります

Q&Aが挙げている設例で確認しましょう。令和8年9月21日から提供を受けている役務が同年10月20日に完了し、同月31日に代金を支払うというケースです。

• 役務の提供の場合　令和8年10月20日が課税仕入れを行った日になるため、全体について70％の割合を用いて計算します。9月中に着手していても、また支払日が10月31日であっても、判定するのは「役務の全部が完了した日」です
• 商品の仕入れの場合　引渡しの日が判定基準になるため、令和8年9月21日から同月30日までの仕入れは80％、同年10月1日から同月20日までの仕入れは70％と、引渡日ごとに割合が分かれます

4. もう一つの改正：使える金額の上限が10億円から1億円へ

割合の陰に隠れがちですが、実務インパクトが大きいのがこちらです。

この経過措置は、もともと一の事業者からの課税仕入れの合計額（税込価額）が、個人事業者のその年または法人のその事業年度で一定の金額を超える場合、その超えた部分には適用できないという上限が設けられています。その上限が引き下げられました。

• 令和6年10月1日から令和8年9月30日までの間に開始する課税期間　税込10億円
• 令和8年10月1日以後に開始する課税期間　税込1億円

適用は「令和8年10月1日から」ではなく、同日以後に開始する課税期間からである点にご注意ください（改正法附則1三、90③）。たとえば3月決算法人であれば、令和9年4月1日開始事業年度から1億円が効いてきます。12月決算の個人事業者・法人であれば令和9年1月1日開始の課税期間からです。

財務省の解説は、この引下げの理由を、本経過措置が小規模な事業者以外の事業者による租税回避等にも利用されている実態が確認されたこと等を踏まえたものと説明しています。もともと「小規模な免税事業者との取引への影響を緩和するための措置」なので、そうした免税事業者との間では想定され難い規模の取引については適用を制限する、という建て付けです。

5. 帳簿と請求書に何を書けば、経過措置を使えるか

経過措置は自動的に使えるものではなく、帳簿と請求書等の保存が要件です（問113）。

帳簿には、原則的な記載事項に加えて、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨の記載が必要です。具体的には次の4項目になります。

• 課税仕入れの相手方の氏名又は名称
• 課税仕入れを行った年月日
• 課税仕入れに係る資産又は役務の内容（軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである場合には、資産の内容及び軽減対象課税資産の譲渡等に係るものである旨）及び経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨
• 課税仕入れに係る支払対価の額

「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」の書き方は、個々の取引ごとに「80％控除対象」「免税事業者からの仕入れ」などと記載する方法のほか、対象取引に「※」や「☆」といった記号・番号等を表示し、かつ「※（☆）は80％控除対象」などと別途表示する方法も認められます。

請求書等は、区分記載請求書等と同様の記載事項（電磁的記録を含む）が必要です。

• 書類の作成者の氏名又は名称
• 課税資産の譲渡等を行った年月日
• 課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容（軽減対象資産の譲渡等である場合には、資産の内容及び軽減対象資産の譲渡等である旨）
• 税率ごとに合計した課税資産の譲渡等の税込価額
• 書類の交付を受ける当該事業者の氏名又は名称

なお、免税事業者等から受領した請求書等について、「軽減対象資産の譲渡等である旨」と「税率ごとに合計した課税資産の譲渡等の税込価額」の記載がない場合に限り、受領者が自ら請求書等に追記して保存することが認められています。電磁的記録を出力した書面への追記も同様です。

もう一点、見落とされやすい論点があります。問113−2は、登録番号の記載がない請求書等について、適格請求書発行事業者から交付を受けたものを含め、一律に経過措置の適用を受けてよいとしています。経過措置の適用は取引の相手方が適格請求書発行事業者以外の者である場合に限られないため、区分記載請求書等の記載事項を満たしたものの保存があれば、一律に経過措置の適用を受けることになるという整理です。仕入先が多数あり登録番号の有無を1枚ずつ追えない、という会社にとっては現実的な逃げ道になります。

6. 専門家の視点：短期前払費用の扱いと、参照するQ&Aの「基準日」

短期前払費用として処理している支払いについては、問113−4（令和8年4月追加）が明快な答えを出しています。

消費税の計算では、法人税・所得税で短期前払費用の取扱い（支払った日から1年以内に提供を受ける役務に係る前払費用を、継続してその支払った日の属する事業年度の損金に算入している場合にこれを認める取扱い）の適用を受ける前払費用に係る課税仕入れは、その支出した日の属する課税期間において行ったものとして取り扱うこととされています（消費税法基本通達11−3−8）。

Q&Aの設例は、3月決算法人が、毎年1月にその年1年分（1月〜12月分）の保守料金を支払い、短期前払費用として処理しているというケースです。取引先は適格請求書発行事業者ではありません。結論は、令和8年3月期の申告において、1年間分の保守料金の全額について80％の割合で経過措置の適用を受けて差し支えない、というものです。10月以後の役務提供部分が含まれていても、支出した日の属する課税期間（令和8年3月期）の割合で確定します。

さらに、当該経過措置の適用を受けた短期前払費用の金額が契約変更等により変動した場合は、変動が生じた課税期間における課税仕入れに係る消費税額に加算または減算することになりますが、その加算・減算は当初の申告時に適用を受けた割合（設例では80％）によるとされています。あとから70％に付け替えるのではありません。

そしてもう一つ、参照する資料の「基準日」の話をさせてください。ここを知らずに調べると、確実に迷います。

税抜経理方式を採っている法人が免税事業者等から課税仕入れを行った場合、インボイス制度導入前の仮払消費税等の額（支払対価の額に110分の10を乗じた金額）の、経過措置の割合に相当する額を仮払消費税等の額とし、残額を取得価額等に算入して法人税の所得金額を計算することになります（消費税経理通達3の2、令和3年2月経過的取扱い⑵の⑵）。仮払消費税等の額として区分しないで経理をすることも認められています（同⑶）。この考え方を整理しているのが国税庁「消費税経理通達関係Q&A」です。

ところが、このQ&Aは「令和5年12月27日現在公布されている法令及び同日現在の通達に基づいて作成」されたものです。そのため、まさに令和8年10月1日に免税事業者から店舗用建物を1,100万円で取得したという設例（問4）が、改正前の50％で書かれています（回答は「50万円を仮払消費税等の額とし、1,050万円を建物の取得価額とする」）。現行の割合は70％ですので、同じ考え方を当てはめれば、仮払消費税等の額は70万円、建物の取得価額は1,030万円になります。

税理士法人 小山・ミカタパートナーズにも、「国税庁のページに書いてある数字と、税理士から聞いた数字が違う」というお問い合わせが実際に寄せられます。公表資料は生きていても、中身が改正前のまま残っていることがある——ここを見分けるのが専門家の仕事です。資料を読むときは、必ず「◯年◯月◯日現在の法令等」という基準日を先に確認してください。

7. 実務で押さえるべきこと

切替までに何をしておけばよいかを、失敗例と王道で整理します。

8. まとめ

免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置は、令和8年度税制改正で4段階に組み替えられました。2026年（令和8年）10月1日からの割合は50％ではなく70％、以後は令和10年10月1日から50％、令和12年10月1日から30％となり、令和13年9月30日をもって終了します。あわせて、この経過措置を使える金額の上限が税込10億円から1億円へ引き下げられました（令和8年10月1日以後に開始する課税期間から）。

切替日をまたぐ取引の割合は、課税仕入れの時期で判断します。役務の提供は約した役務の全部が完了した日、商品の仕入れは引渡しのあった日です。支払日でも請求書の日付でもありません。そして経過措置を使うには、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載し、区分記載請求書等と同様の記載事項がある請求書等を保存することが要件になります。

税理士法人 小山・ミカタパートナーズは、消費税・インボイスの実務対応から、経過措置の縮減を織り込んだ取引条件の見直し、月次の記帳体制づくりまで一体でご支援しています。10月1日の切替を前に、またぐ取引の扱いや帳簿の記載でご不安のある方は、お早めにご相談ください。

出典・参考資料

• 国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」（Ⅳ-5 経過措置／問113〔令和8年4月改訂〕・問113−2・問113−3〔令和8年4月追加〕・問113−4〔令和8年4月追加〕）
• 財務省「令和8年度 税制改正の解説」消費税法等の改正（二 適格請求書等保存方式に係る経過措置の見直し／846〜849頁）
• 国税庁「消費税経理通達関係Q&A（令和3年2月）（令和5年12月改訂）」（令和5年12月27日現在公布されている法令及び同日現在の通達に基づくもの。割合の記載は令和8年度改正前）
• 国税庁「インボイス制度」（適格請求書等保存方式）
• 根拠法令：所得税法等の一部を改正する法律（平成28年法律第15号）附則第52条・第53条、消費税法第30条第7項、消費税法基本通達11−3−8、消費税経理通達3の2、令和3年2月経過的取扱い⑵・⑶

小山 晃弘（こやま あきひろ）

税理士法人 小山・ミカタパートナーズ 代表

公認会計士・税理士・米国公認会計士（ワシントン州）のトリプルホルダー。デロイト トーマツ（監査）出身。中小企業の税務顧問から、消費税・インボイスの実務対応、国際税務・資産防衛まで伴走。著書7冊・累計6万部、YouTube登録者11万人超。 🔗 kmp.or.jp ／ お問い合わせ：info@kmp.or.jp

この記事は執筆時点の法令・通達に基づいています。最終確認日：2026年8月2日（現行制度との照合を実施）。税制は改正されます。実際のご判断の前に、最新の情報をご確認いただくか、税理士法人 小山・ミカタパートナーズまでご相談ください。