税務調査で帳簿の提示は断れる？事前通知・預かり・修正申告の勧奨を税理士が解説【国税庁FAQ令和8年7月改訂】

1. 何が改訂されたのか（3行サマリー）

• 国税庁は令和8年7月1日、「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」を令和8年7月改訂版に更新した（全33問）
• 今回一部改訂されたのは3問。問3（提示・提出を拒んだ場合の罰則。罰則が「1年以下の拘禁刑又は50万円以下の罰金」と記載）、問5（電子データの提示・提出方法。e-Tax、オンラインストレージサービスやメールを利用した提出が明記）、問14（事前通知を税務代理人に行ってもらうための手続き）
• FAQ全体の骨格は平成23年12月の国税通則法改正で法令上明確化された調査手続。事前通知・提示提出・預かり（留置き）・調査終了時の手続・理由附記が法令に定められている

2. 前提：調査手続は国税通則法で決まっている

現在の税務調査の手続きは、平成23年12月の税制改正（国税通則法の改正）によって、それまで運用上の取扱いだったものが法令上明確化されたものです。FAQの問1は、その趣旨を「税務調査手続の透明性及び納税者の予見可能性を高め、調査に当たって納税者の協力を促すことで、より円滑かつ効果的な調査の実施と、申告納税制度の一層の充実・発展に資する等の観点」から行われたものと説明しています。

同改正で法令上明確化された主な内容は次のとおりです。

（出典：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂） 問1）

まず確かめるべきは「調査」か「行政指導」か

実務で最初に効いてくるのが、その連絡が「税務調査」なのか「行政指導」なのかという区別です。FAQの問2は、税務署から「申告書の内容に問題がないか確認して、必要なら修正申告書を提出してほしい」という電話があった場合について、次のように整理しています。

• 税務当局は、税務調査のほかに、行政指導の一環として、提出された申告書に計算誤り・転記誤り・記載漏れ・法令の適用誤り等があるのではないかと思われる場合に、自発的な見直しを要請することがある
• この行政指導に基づいて納税者が自主的に修正申告書を提出した場合には、延滞税は納付する場合があるが、過少申告加算税は賦課されない（当初申告が期限後申告の場合は、無申告加算税が原則5％賦課される）
• 税務署の担当者は、具体的な手続に入る前に、調査と行政指導のいずれに当たるのかを明示することとしている

つまり、「これは調査ですか、行政指導ですか」と確認することは、制度上まったく想定されている問いであり、しかも加算税の有無に直結します。ここを聞かずに修正申告に応じてしまうのは、実務上もったいない対応です。

3. 帳簿・データの提示と預かり（留置き）

提示・提出を拒むと罰則がある。ただし強権的な行使は行わないと明記

FAQの問3（令和8年7月一部改訂）は、帳簿書類等の提示・提出について次のように述べています。

そのうえで、「税務当局としては、罰則があることをもって強権的に権限を行使することは考えておらず、帳簿書類等の提示・提出をお願いする際には、提示・提出が必要とされる趣旨を説明し、納税者の理解と協力の下、その承諾を得て行うこととしています」と明記されています。

「正当な理由」については、問6で「どのような場合が正当な理由に該当するかは個々の事案に即して具体的に判断する必要があり、最終的には裁判所が判断することとなるから確定的なことは答えられない」としつつ、例として「災害等により滅失・毀損するなどして、直ちに提示・提出することが物理的に困難であるような場合」が挙げられています。つまり、「気が進まない」「見せたくない」は正当な理由に含まれないと読むのが素直です。

電子データは「画面で見せる」か「渡す」か

問5（令和8年7月一部改訂）は、帳簿書類等が電磁的記録（電子データ）である場合の方法を整理しています。

あわせて、電磁的記録の提出を求める際は税務当局における電磁的記録の取扱いを説明することとしていること、提出された電磁的記録は国税庁で定めた規則等に基づき厳重に管理し、保存期間満了後に確実に廃棄（消去）することが注記されています。会計データ・請求データの電子保存が進むなかで、電子帳簿保存法への対応と調査対応は、実務上ひと続きの話になっています。

私物・業務上の秘密はどうなるか

ここは誤解される方がとても多いところです。FAQは次のように述べています。

• 問7（私物）：法人税の調査において、その法人の代表者名義の個人預金について事業関連性が疑われる場合にその通帳の提示・提出を求めることは、法令上認められた質問検査等の範囲に含まれると考えられる
• 問8（守秘義務・信教）：医師・弁護士のような職業上の守秘義務がある場合や、宗教法人が個人の信教に関する情報を保有している場合でも、調査担当者が必要と判断したときは、納税者の理解と協力の下、その承諾を得て提示・提出いただく場合がある。調査担当者には調査を通じて知った秘密を漏らしてはならない義務が課されている
• 問9（調査対象期間より前の資料）：X年度の申告内容を確認するために必要があると判断したときは、X年度以外の帳簿書類等の提示等を求めることがある。これはあくまでX年度の調査であって、X年度以外の調査を行っているわけではない

社長個人の口座は「私物だから関係ない」とはならない、というのがFAQに示された考え方です。だからこそ、法人と個人のお金の出入りを日頃から分けておくことが、調査対応の最大の防御になります。役員個人と会社の間の資金移動については、役員報酬の設計とあわせて整理しておく必要があります。

預かり（留置き）は承諾が必要、返還は原則すぐ

• 問10：帳簿書類等の留置き（預かり）は、留め置く必要性を説明したうえで、納税者の理解と協力の下、その承諾を得て行うものであり、承諾なく強制的に留め置くことはない
• 問11：法令上、留め置いた帳簿書類等は留め置く必要がなくなったときは遅滞なく返還すべきこととされている。業務で使用する必要がある等の理由で返還を求められた場合には、特段の支障がない限り速やかに返還する。ただし大量でコピーに時間がかかる場合など、直ちに返還すると調査の適正な遂行に支障がある場合は、しばらく待ってもらうこともある
• 同じく問11：返還を待つよう言われたことに納得できないときは、留置きを行っている職員が税務署に所属する職員である場合、税務署長に再調査の請求、又は国税不服審判所長に審査請求をすることができる
• 問4：調査の過程で調査担当者に提出するために新たに作成したコピーは、返還を予定しないため留置きには当たらない。一方、事業のために保有している書類のコピーを預かる場合は、留置きの手続によることになる

4. 事前通知と、調査の終わり方

事前通知は原則あるが、書面はもらえない

問14（令和8年7月一部改訂）では、事前通知を税理士（税務代理人）に行ってもらうには、税務代理権限証書に納税者の同意を記載しておく必要があることが説明されています。同意が記載されていない場合は、納税者と税務代理人の双方に事前通知が行われます。また、税務代理人が数人いる場合に一人に絞るには、税務代理権限証書に「代表する税務代理人である旨」の定めが必要です（問15）。

調査の終わり方と、修正申告の勧奨

調査の結果、更正決定等をすべきと認められる非違がある場合、調査官は非違の内容（更正決定等をすべきと認める額やその理由など）を説明します。ここでも押さえるべき点がいくつかあります。

• 説明は原則として口頭で行われ、納税者の要望に応じて調査結果の内容を記載した書面を交付することはない（問24）。ただし必要に応じて、非違の項目や金額を整理した資料など参考となるものを示すこととされている
• 説明の際、原則として修正申告（又は期限後申告）が勧奨される。これに応じるかどうかは、あくまでも納税者の任意の判断であり、勧奨に応じなかったからといって、応じた場合と比較して不利な取扱いを受けることは基本的にはない（問25）
• ただし、修正申告を行った場合には、更正の請求をすることはできるが、不服申立てをすることはできない（問25・問26）。修正申告は税務当局の処分ではなく納税者自身の行為だからです
• 税務代理人に説明してほしい場合は、調査担当者に口頭・対面で伝えるか、税務代理人を通じて同意書面を提出する。令和6年4月1日以後は、税務代理権限証書の様式に「調査の終了の際の手続に関する同意」欄が設けられている（問27）

「是認通知」をもらっても再調査はあり得る

• 問28：実地の調査を行った場合、結果にかかわらず原則としてその税目・課税期間について再調査を実施することはない。ただし、「新たに得られた情報に照らして非違があると認めるとき」という法令上の要件に該当する場合（例：その後に行われた取引先の税務調査で、当初は把握されていなかった非違が明らかになった場合）は、既に調査済みの税目・課税期間でも再調査を実施することがある
• 問29：再調査の場合も原則として事前通知は行われるが、再調査を行う理由については説明されない
• なお、この「再調査」は新たな情報に基づく質問検査等であり、処分に不服がある納税者が行う「再調査の請求」とは別のものです（問28の注記）

立会いと理由附記

• 問33：記帳事務を手伝ってもらっている方（記帳補助者）について、調査につき主張・陳述を行うことは税務代理行為に当たり、原則として税務代理人しかできない。単に立ち会うだけでも、第三者の同席により調査担当者の守秘義務に抵触する可能性がある場合は立会いを断る。ただし、日頃記帳事務等を担当している方が、調査を円滑に進めるために調査担当者が必要と認めた範囲で同席することはある
• 問30：理由附記の対象は、国税に関する法律に基づく申請に対する拒否処分又は不利益処分全体。青色申告者に対する更正処分だけでなく、白色申告者等に対する増額更正処分（推計による更正処分を含む）や、加算税の賦課決定処分にも理由が附記される
• 問32：調査の過程で事前通知した税目・課税期間以外に調査が及ぶ場合、追加する税目・課税期間等については説明されるが、追加する理由は説明されない。また、調査を行うこと自体は不服申立てのできる処分に当たらない

5. 実務で押さえるべきこと

6. まとめ

国税庁は令和8年7月1日、「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」を令和8年7月改訂版に更新しました。一部改訂されたのは、問3（提示・提出を拒んだ場合の罰則＝1年以下の拘禁刑又は50万円以下の罰金）、問5（電子データの提示・提出方法。e-Tax・オンラインストレージ・メールでの提出を明記）、問14（事前通知を税務代理人に行うための同意手続）の3問です。

押さえるべきは3点です。①「調査」か「行政指導」かを最初に確認すること。行政指導に基づく自主的な修正申告であれば過少申告加算税は賦課されません。②断れるもの・断れないものを正確に知ること。事業関連性が疑われる代表者名義の個人預金の通帳は質問検査等の範囲に含まれる一方、預かり（留置き）は承諾なく強制されることはなく、返還も原則として速やかに行われます。③修正申告の勧奨に応じるかは任意であり、応じないことで不利な取扱いを受けることは基本的にないが、応じれば不服申立ての道は閉ざされること。

税務調査は「争う場」ではなく、説明する場です。税理士法人 小山・ミカタパートナーズでは、日々の記帳・申告から税務調査の立会い、指摘への対応方針の設計まで、経営者・オーナーが「数字と根拠を堂々と説明できる状態」を作るご支援をしています。調査の連絡を受けた方、事前に備えておきたい方は、お早めにご相談ください。

出典・参考資料

• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂）
• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）（令和8年7月改訂）」本文PDF
• 国税庁 パンフレット「税務手続について（近年の国税通則法等の改正も踏まえて）」
• 国税庁 タックスアンサー No.7200「税務署長等の処分に不服があるときの不服申立手続」
• 国税庁 パンフレット「暮らしの税情報」（令和8年度版）
• 国税通則法 第65条第6項（調査通知と過少申告加算税）／第74条の2以下（質問検査権）／第74条の7（提出物件の留置き）／第74条の9（事前通知）／第74条の10（事前通知を要しない場合）／第74条の11（調査終了の際の手続）
• 平成23年12月税制改正（国税通則法の改正）による税務調査手続の明確化

小山 晃弘（こやま あきひろ）

税理士法人 小山・ミカタパートナーズ 代表

公認会計士・税理士・米国公認会計士（ワシントン州）のトリプルホルダー。デロイト トーマツ（監査）出身。中小企業の税務顧問から富裕層・オーナー経営者の資産防衛・国際税務・事業承継まで伴走。著書7冊・累計6万部、YouTube登録者11万人超。 🔗 kmp.or.jp ／ お問い合わせ：info@kmp.or.jp

この記事は執筆時点の法令・通達に基づいています。最終確認日：2026年8月2日（現行制度との照合を実施）。税制は改正されます。実際のご判断の前に、最新の情報をご確認いただくか、税理士法人 小山・ミカタパートナーズまでご相談ください。